Prof. Meller jest wybitnym specjalistą w dziedzinie bioinformatyki, jest wykładowcą na uniwersytecie w Cincinnati (USA), jak również kierownikiem programu bioinformatyki dla doktorantów.
Wykład przeznaczony dla studentów studiów magisterskich i doktoranckich, oraz studentów 3-go roku studiów inżynierskich. Wykład obejmie struktury danych i algorytmy stosowane w bioinformatyce, a także zastosowania technik uczenia statystycznego i maszynowego w analizie danych biomedycznych, włączając zastosowania w genomice i medycynie precyzyjnej. Wykład prowadzony będzie w maju w dniach 13 – 17.V.2024, w trybie przyspieszonym (warsztatowym) i obejmie elementy programowania w środowiskach R/R Studio oraz Python/Colab, używanych szeroko w naukach o danych. Link do sylabusa:
https://usosweb.umk.pl/kontroler.php?_action=katalog2/przedmioty/pokazPrzedmiot&kod=0800-ALTECHBIO
Będą omawiana następujące zagadnienia:
- Techniki sekwencjonowania DNA a mapowanie fragmentów DNA (DNA reads) z użyciem drzew oraz macierzy końcówek (suffix trees and suffix arrays), Burrows-Wheeler Transform; Bowtie, Python/Colab
- Kwantyfikacja ekspresji genów z użyciem mapowania k-merów oraz algorytmów typu EM (expectation maximization); Kallisto, Python/Colab
- Porównywanie sekwencji DNA i białek z użyciem algorytmów programowania dynamicznego (dynamic programming); BLAST, Ensembl
- Analiza ekspresji genów z użyciem metod uczenia bez nadzoru (unsupervised learning); identifikacja molekularnych podtypów nowotworów; cBioPortal, R/R Studio
- Przewidywanie podtypów nowotoworów i innych stanów chorobowych z użyciem metod uczenia z nadzorem (supervised learning); Logistic regression, RF, NN, R/R Studio
Pytania w sprawie wykłady proszę kierować do prof. Rafała Adamczaka, raad@is.umk.pl